Tahun 2012 menjadi tahun yang sangat penting bagi keberlanjutan pemerintahan dan masa depan Aceh. Pada tahun inilah, pemilihan kepala daerah (pilkada) kedua sejak masa damai digelar. Pemerintahan baru pun dihasilkan. Terpilihnya pemerintahan baru hanyalah titik awal. Setumpuk persoalan politik menunggu sentuhan pemerintahan ini.
Pilkada Aceh 2012 ditandai dengan kemenangan pasangan yang diusung Partai Aceh, Zaini Abdullah-Muzakir Manaf , sebagai nahkoda Aceh yang baru untuk periode 2012-2017. Pasangan tersebut meraih suara 1.327.695 atau 55,78 persen dari total suara sah 2.457.196. C alon gubernur petahana yang maju dari jalur perseorangan, Irwandi Yusuf, yang berpasangan dengan Muhyan Yunan, hanya menempati posisi kedua dengan perolehan suara 694.515 atau 29,8 persen.